本文中所说的“证”均是指“临床表现”，而非现在一般认为“分证论治”之中的“证型”。这两种对于“证”的理解有现象与本质的差异。
中医所说的辨证论治应当是辨别现象而非辨别病机，辨证即是通过对临床表现的辨别以察知病本，而不是辨别病机，病机是不可能跳过证候而直接获得的。
一、辨方证
辨方证就是指每一首经方皆有针对之证候，辨别方证即是强调方与证的对应性。“辨方证”一词现在在中医界十分流行，但是各人所赋予的含义不一，常有“望文生义”之弊，需要注意其实质内涵。
“方证”的概念在仲景书中常出现。例如小柴胡汤在《伤寒论》96条的“四大证”，张仲景称之为“柴胡证”，将桂枝汤在12条中的临床表现称为“桂枝证”，又如麻黄汤在35条的“麻黄八证”。
关于方证，桂枝汤证当见“汗出”，麻黄汤证当见“无汗”，大青龙汤证当见“烦躁”，桂枝甘草汤证见“心下悸，欲得按”，茯苓桂枝甘草大枣汤证见“脐下悸，欲作奔豚”，苓桂术甘汤证见“心下逆满，气上冲胸”，栀子豉汤证见“虚烦不得眠”，五苓散证见“消渴”，抵当汤证见“少腹硬满，小便自利”等等。
辨别方证，要重视对仲景原文的理解，假若完全符合条文的证情，则辨别准确性越高。
需要注意一点，辨别“方证”并非只有“方”与“证”，在两者之间必然有“病机”“治法”，要“理法方药”一连串地紧密联系。
关于张仲景撰写《伤寒杂病论》的目的，他在序言中已经明确说：“虽未能尽愈诸病，恕可以见病知源。”如何通过疾病“表现”而知道疾病的“本质”，“见病知源”，显然是张仲景写作此书的最主要目的。
仲景书中多处透露病机思想。例如“热在皮肤，寒在骨髓”“阴阳俱虚”“胃气不和”“亡阳”“心下有水气”“阳气怫郁在表”“里虚”“营气不足，血少故也”“亡血，亡津液”“血弱气尽，腠理开，邪气因入，与正气相搏”“热结膀胱”“大热入胃”“追虚逐实，血散脉中，火气虽微，内攻有力”。
实际上，张仲景对于病机的论述十分丰富，只是由于他的论述习惯，并非如现代每一条方证下均附上“病机分析”，而是训练读者通过证候辨别，测知病机，继而选方用药。
这亦是“辨证论治”的两个过程，即辨证求机、审机论治。病机是方证之间的桥梁。强调“辨方证”，虽然把病机隐没省略了，但实际上由于“证候”与“病机”紧密联系。
假若强调细致辨别证候，亦即等同于对病机判断的仔细入微，只是在讨论过程中，较为强调“证候”的“证据”意义，就是必须有是证用是方，假若临床诊断没有相应证候，则较难明确判断病机所在。
因此，“辨方证”显然与西医“综合征”“症候群”的概念截然不同。“症候群”的疾病大多是病因尚未明确，实际的病因、疾病的名称或相关生理变化目前无法确知，病因明确的疾病则不会称作症候群而改称为疾病了。回过头来看，“辨方证”的概念则必然有“病机”在内，明确了现象与本质的关系，张仲景所列出每一条条文的“证候”不可能是症候群。
二、在某些病机前提下“但见一证便是”
“辨方证”是一般的经方使用方法，但是具体而言，“辨方证”具有许多局限性。由于不少证候的“针对性”不够强，例如“汗出、恶风”的证候，可见于桂枝汤证、桂枝加葛根汤证、桂枝加附子汤证、桂麻各半汤证、白虎加人参汤证等，单纯见“汗出、恶风”不能就使用桂枝汤。
又如大青龙汤证以“烦躁”为辨证要点，可是“烦躁”一证可见于多种疾病，显然大青龙汤证的“烦躁”是有前提的。栀子豉汤证见“虚烦不得眠”，可是如酸枣仁汤证亦见此证，故此不可单凭此一证即确定用方。
再如《伤寒论》66条见“腹胀满”一证用厚朴生姜半夏甘草人参汤，《伤寒论》249条同样是单见“腹胀满”却选用了调胃承气汤。可知张仲景对此亦非纯粹“但见一证便是”。
“辨方证”必须对“病机”准确掌握，而病机又可分为“病性”“病位”“病势”，以下从这三方面分别举例说明。
在“病性”的前提下“但见一证便是”。如桂枝加厚朴杏子汤证见“汗出而喘”一证，63条的麻黄杏仁石膏甘草汤中亦以此为“主证”，两者的鉴别显然是以寒热病性区分的。63条中有“发汗后”的病情来路以及“无大热”的证候辅助。
在“病位”的前提下“但见一证便是”。如大青龙汤证以“烦躁”一证作为诊断依据，其病位在表，是在麻黄汤证的前提下见“烦躁”。麻黄细辛附子汤证以“发热”一证作为诊断依据，发热在大量方证中可见，又以“脉沉”确定病位在里。
在“病势”的前提下“但见一证便是”。这里的病势实际上也包括了“病位”的概念，强调病情来路与发展，又多与误治有关。
例如上述“腹胀满”可出现在两条的证情上，66条是在太阳病篇“发汗后”出现的病情，而249条则是在阳明病篇“吐后”出现的病情，两者产生腹胀满的病因不同，故此病机不同而选择不同方剂。
又如茯苓四逆汤证中亦以“烦躁”作为诊断依据，但是其病先有“发汗，若下之，病仍不解”的误治过程，而非单纯的“但见一证”即选用其方。
由此可知，“辨方证”实际上十分重视“类证鉴别”，即同一种证候有多种不同病机，需要仔细区分比较。
另外，亦需要强调辨证的“禁忌”，有时候看似符合方证，若见有一些禁忌证则仍不可用之。例如《伤寒论》多次强调的“不可发汗”“不可下”“不可吐”，又例如“柴胡不中与之”“结胸证悉具，烦躁者亦死”的说法，均是强调即使看似符合某些方证，但却因某些证候亦不可用之，可理解为在某些前提下“但见一证”便“不是”的意思。
三、辨病机
对一些非典型病情的辨别，张仲景并不“辨方证”。典型例子如《伤寒论》148条，“头汗出，微恶寒，手足冷，心下满，口不欲食，大便硬，脉细”，这些证情均不符合96条的“柴胡证”，可是张仲景为何使用小柴胡汤？
这时候用的方法叫“辨病机”，因为其病符合“半在里半在外”，故此可以诊为小柴胡汤证。张仲景运用这种“辨病机”的方法亦不少。
例如《伤寒论》15条见“其气上冲”而选用桂枝汤，25条见“大汗出、脉洪大”亦选用桂枝汤，显然这并不是典型“桂枝证”；169条使用白虎加人参汤，证见“心烦、背微恶寒”，并不是典型白虎汤证；144条热入血室而用小柴胡汤，亦不是典型“柴胡证”；156条“心下痞”而用五苓散，痞并非五苓散证典型表现等等。
张仲景甚至在一些病情上，没有见“证候”亦选择用方。
例如《伤寒论》29条，单纯因“重发汗，复加烧针”而选用四逆汤。
232条：“脉但浮，无余证者，与麻黄汤。”无任何证候选用麻黄汤。
302条：“少阴病，得之二三日，麻黄附子甘草汤微发汗，以二三日无证，故微发汗也。”无任何证候，只是在“少阴病二三日”前提下选方。
323条：“少阴病，脉沉者，急温之，宜四逆汤。”单见“脉沉”而无其他证候即用四逆汤。
显然，“无证”而用方的思路，就不是一般的“辨证”了，而是“有者求之、无者求之”的思想，没有出现证候，需要考虑病机上的原因。
由此可知，在某些情况下，并非一定见明确的“方证”才可以选方用药，而是通过病机辨识运用经方。
实质上，“病机”是所有经方使用的根本，只不过某一些情况下有明确“证候”的帮助而形成“方证”，某一些情况则需要依靠某些“病机”的背景配合“证候”，另一些情况则主要依赖病机而证候变为次要了。
有“方证”的仲景原文，可理解为经方辨证之“常法”，是典型的辨证方法；没有该方的“方证”而选用该方，则必须要抓准“病机”，相对而言是“变法”，是经方灵活应用的方法，这可帮助我们解决临床千变万化的“非典型”问题，以扩大经方的运用范围。
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