股票期权是由交易所设计的标准化合约，而权证是非标准化合约，由发行人自行设计合约要素除由上市公司证券公司或大股东等主体单独发行外还可以与可分离交易可转债一起发行
股票期权没有发行人，合约条款由交易所设计，市场参与者支付足够保证金的提前下都可以开仓卖出期权，权证则必须有特定发行主体主要是上市公司，证券公司或大股东等第三方
股票期权的合约主体是期权的买房和卖方，权利方和义务方是不特定的，而权证的合约主体是发行人和买房，因此义务方是特定的发行人
在股票期权交易中，投资者即可以开仓买入期权，也可以在没有买入持仓的情况下开仓卖出期权。对于权证，投资者只能买入权证或者在持有权证的前提下进行卖出。
期权交易的卖出方、义务方因为承担着义务，所以需要交纳保证金。权证交易中，发行人固定是义务方直接以自己的资产或信用作为履约担保。
股票期权采取期货的交易方式。一个重要的特征是实行保证金交易，而权证则与股票、债券等品种保持一致实行现货交易方式
认购期权或认沽期权的行权，但是标的证券在不同投资者之间相互转移，不影响上市公司的实际流通总股本数，对于上市公司发行的股本权证，当投资者对持有的认购权证行权时发行人必须按照约定的股份数目增发新的股票，从而导致公司的实际流通总股本数增加。