我愿意一层一层一层拨开我的染色体

各位小伙伴们！我想死你们了！

公众平台的安静如鸡不是因为我浪浪浪而是处理了一些比较重要的事情，关于这部分我也构想过邀请几位传奇的同学能够发文纪念，今天这篇文章是很久之前接受本科实验室师姐的投稿，目前是生物技术领域的一把手！给大家做的关于基因检测的碎碎念！

面对混乱的基因检测市场

你可长点心吧！

应届毕业小硕，工作后开始了解基因检测这个行业。不看不知道，一看吓一跳！各位看官，请听我细细道来。

大概是毕业期间的熬夜论文实在太煎熬，也可能是我研究生的日子活的太潇洒了，等完成毕业后感觉整个人的生理状态特别不好，一会儿心律不齐，一会儿经期综合征的，再加上我母上大人的疾病史，让我萌生了：“诶，要不要搞个员工内部价，去做个基因检测吧！”的想法。是不是很fashion！（一般人都会想去做个体检对不对）然后我打着员工福利的名义，去打听了下公司的检测项目的报价！毕竟穷！呵呵，价格是我要把一个月的工资还给公司！！！太贵了吧！

于是，我决定“背叛公司”。万能的某宝某东有什么是没有的呢！然后找到了某基因测序公司，只要199！买不了吃亏，买不了上当！只要199！作为一个“专业”的从业人员，我的职业病驱使这我询问了测序的各个细节。：)好怕被客服揭穿我是别的公司派来的“商业间谍”。

小周提问：根据截图，请问上文提到最可能的有遗传倾向的疾病是什么？

是不是看起来非常专业，只要你follow my words，你也可以这么专（zhuang）业（bi）接下来是

基因测序的扫盲时间

先简单介绍下现在市场上常用的测序技术。某基因公司提到的SNaPshot，在这之前，我并没有听过！Shame on myself！我单单以为它是一个单词，中文解释：

然后我求助了，可能还比较能够让人理解的度娘……

学过高中生物的同学们都应该知道，人类的DNA包含4中脱氧核苷酸。而ddNTP是双脱氧核苷酸，这样他就无法和后续的脱氧核苷酸形成磷酸二酯键，反应就结束了。同时ddNTP耦联了发光基团！荧光一照，它就和白骨精一样立马现形。

更进一步地解释，罪犯混入在人群中想要从火车站逃之夭夭，作为警方你要怎么办？当然就是每个人都要对身份证是不是！所以碱基每扩增一个，我ddNTP就去截获一个，然后查验身份，传说宁可错杀1000也绝不放过一个的……地毯式搜索法……

下面列举了一部分常用的检测方法。

小周提问：根据截图，请问上文提到SNaPshot属于哪一种检测手段？

抱着不求好，只求贵的有钱人心态，我当然选DNA测序啦。就是一代的sanger测序和二代测序（next-generation sequencing，人家叫下一代测序，名字看起来就很DIAO哦）。

介绍完常用技术，再来给大家讲下知识点！客服提到的SNP，是不是很眼熟？！不是那个韩国某面膜！！！（不过据说很好用，有妹子拔草吗？）人家叫Single Nucleotide Polymorphism，中文名多核苷酸多态性。你为什么这么与众不同，就是因为用了有了SNP。简单的说，SNP就是单个核苷酸的变化，引起的一堆性状的变化。所以我和周冬雨其实也就差了几个SNP不一样，其他的都差不多……

我就是我，是不一样的烟火！

那么，4个SNP，其实也就测了4个核苷酸咯，这价格，50元/base，好想diss哦，钱也太好赚了吧！而且！敲黑板！单单BRCA1，可是有125,951 bases啊！你就用这4个点，告诉我，我的患病概率？！问号脸，别欺负我读书少！我幼儿园文凭都想让我diss你！默默的为我们公司的良心售价打个call！哟哟，freestyle，木有的！（如果想咨询公司请后台私戳小周或者留言见！）

基因检测的常见突变点检测只能说是抽样调查，但对于个人而言，或许存在整段序列中其他非常见已报道的突变位点的异常，因此这个价格及公司的做法……大家一定要！引以为戒！

其实写这篇文章的初衷只是想为大家做些科普，不要神化基因检测，觉得基因检测是万能的，很多检测公司推出了针对小孩子的天赋检测，号称下一个爱因斯坦，下一个刘翔，也有些号称能检测是否有网瘾，甚至还有婚配服务！古有周易八卦测字算命，现有基因检测定命理！ （我更相信我们老祖先的智慧！）

不过也不要妖魔化基因检测，毕竟我不能失业！基因检测是精准医疗的基础。在美国，部分疾病的基因检测已纳入医保范围。根据美国癌症协会的报告，截止2015年，基因检测在过去的20年中拯救了150万美国人！

这里就有个很niubility的故事，乔布斯乔帮主，差不多就是基因检测的技术中第一个吃螃蟹的人。乔布斯在接受《麻省理工科技评论》的采访时说：“我要么是第一批以这种方式击败癌症的人，要么是最后一批死于癌症的人。”虽然最后乔帮主并没有击败癌症，但是当年医生断言其存活超过1年的概率不足10%。正是基因检测，从而精准选择肿瘤药物，让乔布斯多活了七年，创造了后来苹果一个又一个的神话……（我缺一个IPX）

小周提问：根据上文，世界范围内发病率和致死率最高的肿瘤分别是？

最近常常听到一个词，叫“精准医疗”，或者“个体化医疗”，这一切都离不开基因检测的辅助。或者说，基因检测技术是精准医疗的基础。如果说，20世纪临床医学最大的进步，  是从以个人经验及直觉为基础的传统个性化治疗，进化到基于基础及临床研究数据的循证医学，那么21世纪的今天，临床医学需要另一次理念的革命，超越循证医学，从分子生物学本质思考疾病，依据驱动因子将疾病重新分类，实现对疾病精准的诊断、分期、评估，以达到精准的预防及治疗，从而迈向精准医学的时代。这话可不是我说的！

对于市面上现有的各种产品，如果大家抱着体验的心情，去感受科技的魅力，那么，你开心就好啊！但如果是严谨的临床病理检测，还是应该要慎重， 这不只是花钱的问题，可能这个基因检测，会改变你的后半生。

最后留个课后作业，请问各位宝宝们，你们赞成对儿童进行天赋的相关基因检测吗？这是一道送分题！

这一部分已经可以算supplementary了……纠结于常常听到的一代二代三代测序，我又非常谦虚地向这位师姐请教他们的差别……

一代测序：又称Sanger测序

多分子，单克隆

原理：在4个DNA合成反应体系（含dNTP）中分别加入一定比例带有标记的ddNTP（分为：ddATP,ddCTP,ddGTP和ddTTP），通过凝胶电泳和放射自显影后可以根据电泳带的位置确定待测分子的DNA序列。由于ddNTP的2’和3’都不含羟基，其在DNA的合成过程中不能形成磷酸二酯键，因此可以用来中断DNA合成反应。

小结：Sanger测序虽读长较长、准确性高，但其测序成本高通量低等缺点，使得de novo测序、转录组测序等应用难以普及（太慢了！）

二代测序：NGS技术

多分子，多克隆

三大巨头，三大方法

1、Illumina 原理：

桥式PCR+4色荧光可逆终止+激光扫描成像

2、Roche 454（第一个商业化运营二代测序技术的平台）

油包水PCR + 4种dNTP车轮大战 + 检测焦磷酸水解发光

小结：二代测序相比一代测序大幅降低了成本，保持了较高准确性，并且大幅降低了测序时间，将一个人类基因组从3年降为1周以内，但在序列读长方面比起第一代测序技术则要短很多，这也给三代测序提供了发展空间。

三代测序：单分子测序

测序技术在近两三年中又有新的里程碑。以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies纳米孔单分子测序技术，被称之为第三代测序技术。与前两代相比，他们最大的特点就是单分子测序，测序过程无需进行PCR扩增。

PacBio SMRT测序原理

纳米孔测序

三代测序优势：

①第三代基因测序读长较长，可以减少拼接成本，节省内存和计算时间；

②作用原理上避免了 PCR 扩增引入错误；

③拓展应用：RNA的序列，甲基化的DNA序列等；

三代测序缺陷：

①   单读长的错误率偏高，需重复测序以纠错（增加测序成本）；

②依赖DNA聚合酶的活性；

③成本较高（二代Illumina的测序成本是每100万个碱基0.05-0.15美元，三代测序成本是每100万个碱基0.33-1.00美元）。

④生信分析软件不够丰富、数据积累少。

附上一个简单粗暴版的三代测序讲解http://www.sohu.com/a/132303086_464200

小姐姐超厉害是不是！

作为基因检测而言，其在诊断方面已经对现在临床诊断、病理诊断提出更深入的要求，在白血病淋巴瘤方便分子分型已经非常重要有着极为广阔的预后提示作用。

最后非常欢迎各位有想法有干货的小宝贝们踊跃投稿！

笔芯！我自己也会好好写出好东西的！

参考文献：

孙雅逊, 蒋晨阳, 傅国胜. 遗传性心律失常基因检测技术[J]. 中国实用内科杂志, 2013, 33(1):30-32.

https://www.cancer.org/

http://www.sohu.com/a/138665071_783622

肖飞. 从循证医学到精准医学的思考[J]. 中华肾病研究电子杂志, 2014(3):6-10.

【测序部分】

1.Sanger, F. & Nicklen, S. DNA sequencing with chain-terminating. 74, 5463–5467 (1977).

2.Mardis, E. R. Next-generation DNA sequencing methods. Annual review of genomics and human genetics 9, 387–402 (2008).

3.Shendure, J. & Ji, H. Next-generation DNA sequencing. Nature biotechnology 26, 1135–45 (2008).

4.Metzker, M. L. Sequencing technologies - the next generation. Nature reviews. Genetics 11, 31–46 (2010).

5.Niedringhaus, T. P., Milanova, D., Kerby, M. B., Snyder, M. P. & Barron, A. E. Landscape of Next-Generation Sequencing Technologies. 4327–4341 (2011).